עלייתה של הכנסייה הקתולית הרומית לשלטון סימנה את ראשית חשכת ימי הביניים. עם התעצמות כוחה של הכנסייה, החשכה הלכה והעמיקה. האמונה במשיח, אבן הפינה האמיתית, הוחלפה באמונה באפיפיור של רומא. במקום לבטוח בבן האלוהים לקבלת מחילה על חטאים וגאולה נצחית, האנשים ביקשו מחילה וגאולה מן האפיפיור ומן הבישופים והכמרים הבכירים שהוסמכו על ידו. נאמר להם שהאפיפיור הוא המתווך בין שמיים וארץ, ושאיש אינו יכול לפנות אל אלוהים זולת דרכו; יתרה מכך, הוא עומד במקומו של אלוהים, ולפיכך, עליהם לציית לו בהכנעה. אי ציות קל לצווי האפיפיור גרר עונשים כבדים ביותר שהומטו על גופם ונפשם של מחללי הצו. בדרך זו, מחשבתם וליבם של הנוצרים סרו מאלוהים והתמקדו בבני אדם תועים, חוטאים ואכזריים, ואף למעלה מכך, בשר האופל בכבודו ובעצמו, אשר הטיל את מרותו דרכם. החטא הוסתר תחת גלימת קודש. כאשר כתבי הקודש נדחקים הצידה והאדם רואה בעצמו סמכות עליונה, ניתן לצפות אך ורק לשקרים, להולכת שולל, לרשע ולחטאים שפלים. בד בבד עם רוממותן של תורות ומסורות שכוננו ביד אדם, נחשפה השחיתות הנובעת תמיד מנטישת תורת ה’. היו אלה ימים הרי סכנות בעבור קהילת המשיח. החסידים שנשאו את נס האמונה היו מתי מעט. על אף שהאמונה לא נותרה ללא עדים, לפעמים נדמה היה שתורות שקר ואמונות טפלות משלו בכיפה, ואילו דת האמת פסה מן העולם. הבשורה נשכחה ונעלמה, אך הפולחנים והטקסים הדתיים הלכו והתרבו, ובני האדם כרעו תחת העול הכבד של ביצוע טקסי הדת בקפדנות יתרה. הכנסייה לימדה את חסידיה לא רק לראות באפיפיור את המתווך היחיד בינם לאלוהים, אלא אף לבטוח במעשיהם הטובים ובציותם למצוות הדת כדי לכפר על חטאיהם. מסעות עלייה לרגל ממושכים, סגידה לשרידים מקודשים, מימון הקמת כנסיות ומזבחות ותשלומים נכבדים לכנסייה – כל אלה ומעשים דומים רבים אחרים הוטלו על המאמינים כדי לפייס את זעמו של האל או כדי לרכוש את חסדו; כאילו שאלוהים, בדומה לבני האדם, כועס על זוטות או מתרצה בזכות מתנות או סיגופים! חרף הרוע ששרר בכול, אפילו בקרב מנהיגי הכנסייה הקתולית הרומית, דומה היה כי השפעתה הלכה וגברה בהתמדה. לקראת תום המאה השמינית טענו האפיפיורים כי בדורות הראשונים של הכנסייה, לבישופים של רומא הייתה אותה סמכות רוחנית שניתנה להם. כדי לבסס את טענתם, היה עליהם להשתמש באמצעים מסוימים שיאששו אותה; אבי השקר שש לספק להם מיד את האמצעים הללו. נזירים זייפו כתבים עתיקים. צווים שלא נשמעו מעולם, התגלו מחדש בוועידות הכנסייה וביססו את סמכותו ועליונותו של האפיפיור על העולם כולו מקדמת דנה. קהילות משיחיות שמאסו באמת קיבלו בשמחה את ההטעיות האלה. אך קומץ הבונים האמיתיים אשר בנו על יסוד האמת [קור”א ג’ 10, 11], היו נבוכים, ומלאכתם נעצרה בזמן שההבלים של תורות השקר הללו נערמו וחסמו את מלאכת הבנייה. בדומה לבוני חומת ירושלים בימי נחמיה, אחדים מהם כבר היו מוכנים ומזומנים להכריז: “כָּשַׁל כֹּחַ הַסַּבָּל, וְהֶעָפָר הַרְבֵּה, וַאֲנַחְנוּ לֹא נוּכַל לִבְנוֹת…” (נחמיה ד’ 4). עייפים מן המאבק הבלתי פוסק נגד הרדיפות, השקרים, החטאים וכל יתר המכשולים שהמציא השטן כדי לעכב את התקדמות מלאכת הבנייה, אחדים מן הבונים הנאמנים התייאשו וידיהם רפו; הם נטשו את אבן הפינה האמיתית לטובת שלום וביטחון, שגשוג ושמירה על רכושם וחייהם. אחרים, שלא נרתעו מהתנגדות אויביהם, הכריזו באומץ: “אַל תִּירְאוּ מִפְּנֵיהֶם: אֶת אֲדֹנָי הַגָּדוֹל וְהַנּוֹרָא, זְכֹרוּ” (נחמיה ד’ 8). הללו המשיכו בביצוע מלאכת הבנייה, כשכל אחד מהם חגור בחרב [אל האפסים ו’ 17.] אותה רוח של שנאה והתנגדות לאמת הפיחה השראה באויבי ה’ בכל דור ודור; אותה נאמנות ואותה ערנות נדרשו ממשרתיו. דברי המשיח לתלמידיו הראשונים חלים על כל חסידיו עד אחרית הימים: “אֶת אֲשֶׁר אֲנִי אוֹמֵר לָכֶם אוֹמֵר אֲנִי לַכֹּל: עִמְדוּ עַל הַמִּשְׁמָר!” (מרקוס י”ג 37). דומה שהאפלה הלכה והתעבתה. סגידה לפסלים רווחה בכל מקום. נרות הודלקו לפני צלמי האלילים שהוצבו בכנסיות, ותפילות הסוגדים נישאו אליהם. אמונות טפלות ומנהגים חסרי כל היגיון משלו בכיפה. ליבם של בני האדם כה נשלט בידי אמונות טפלות, עד שנדמה היה כי השכל הישר איבד את השפעתו. בזמן שהכמרים והבישופים המושחתים התענגו על תאוות הבשר והחך, מובן שניתן היה לצפות שצאן מרעיתם, שנשאו אליהם את מבטם לשם הנחייה, יתבוססו בעצמם בבורות וברשע.
במאה האחת עשרה ננקט צעד נוסף להעצמת שלטון האפיפיורות, כאשר האפיפיור גרגורי השביעי הכריז על הכנסייה הרומית כעל כלילת השלמות. אחת ההצעות שהוא העלה הכריזה כי על פי כתבי הקודש, הכנסייה לא חטאה מעולם ולא תחטא לעולם. אולם, לא הוצגו שום פסוקים מכתבי הקודש לאישוש הטענה הזו. האפיפיור היהיר הבא טען כי בכוחו להדיח קיסרים, והכריז כי איש אינו יכול לבטל את פסיקותיו, וכי בידו הזכות לבטל את החלטותיהם של כל המושלים האחרים. המחשה בולטת לאופיו הרודני של תומך זה בחפות הכנסייה, ניתנה ביחס שהוא הפגין כלפי קיסר גרמניה, הנרי הרביעי. קיסר זה הואשם בזילות סמכות האפיפיור; לפיכך, הכנסייה הכריזה כי יש להחרימו ולהדיחו. שריו של הנרי עזבו אותו ואיימו עליו, בתמיכת הכנסייה שעודדה אותם למרוד בו. הנרי שנמלא אימה מעריקתם ומאיומיהם, החליט לכרות שלום עם רומא. הוא חצה את הרי האלפים בעיצומו של החורף, בחברת אשתו ועבדו הנאמן, וזאת כדי להשפיל עצמו לפני האפיפיור. עם הגעתו לטירה שבה הסתגר גרגורי, הוא הובל ללא שומר הראש שלו אל חצר חיצונית, ושם, בקור המקפיא, נאלץ לעמוד גלוי ראש ויחף ולהמתין עד לקבלת אישור מן האפיפיור לבוא לפניו. רק אחרי שהוא ישב שלושה ימים בתענית צום והתחרט על מעשיו, ניאות האפיפיור למחול לו. התנאי שהתלווה למחילה היה שהקיסר יחכה להקדשת האפיפיור לפני שישוב למעמדו הקודם ולכס השלטון. גרגורי שחש התרוממות רוח מניצחונו, התרברב כי הייתה זו חובתו “להשפיל גאוות מלכים”. איזה ניגוד חד בין גאוותו השחצנית של האפיפיור היהיר לבין נמיכות הרוח, הענווה והעדינות של המשיח, אשר מציג עצמו כמי שעומד מחוץ לדלת הלב ומבקש רשות להיכנס פנימה כדי להעניק מחילה ושלווה; זה אשר לימד את תלמידיו: “הַגָּדוֹל בָּכֶם יִהְיֶה מְשָׁרֶתְכֶם.(מתי כ’:27)” המאות הבאות היו עדות להתגברות מתמדת של תורות שקר בדוקטרינות שיצאו מן הכנסייה ברומא. אפילו לפני כינון שלטון האפיפיורות, תורותיהם של פילוסופים אליליים השפיעו רבות על הכנסייה. אנשים רבים שהצהירו על נטישת האלילות וקבלת האמונה במשיח, עדיין דבקו בעיקרי האמונה של הפילוסופיה האלילית שלהם; הם לא רק המשיכו להתעמק בה, אלא אף לימדוה כאמצעי להרחבת השפעתם על עובדי האלילים. בדרך זו חדרו טעויות חמורות ותורות שקר לאמונה המשיחית. אחת הבולטות שבהן הייתה האמונה בטיבו האלמותי של האדם ובתודעתו העצמית גם לאחר המוות (הישארות הנפש). דוקטרינה זו הניחה את התשתית שעליה כוננה הכנסייה ברומא את מנהג התפילות והתחינות לעזרת הקדושים, והסגידה למרים הבתולה. בנוסף, מדוקטרינה זו נבעה תורת הכפירה על העינוי הנצחי שייגזר על הסוררים, אשר חדרה לאמונה הנוצרית הדוגלת בשלטון האפיפיורות, החל מראשית ימי הכנסייה הקתולית הרומית. אז נסללה הדרך להמצאה נוספת של הפילוסופיה האלילית – רעיון שכונה ברומא ‘כור המצרף’, ושימש בידי הכנסייה לשם הטלת אימה בלב ההמונים התמימים, הנבערים מדעת ואחוזי האמונות הטפלות. תורת כפירה זו איששה את קיומו של אתר עינויים, שבו, נשמות שלא נמצאו ראויות לדיראון עולם, חוות סבל וייסורים כעונש על חטאיהן, ולאחר מכן יוצאות ממנו זכות וטהורות מכל טומאה וחטא ומקבלות היתר להיכנס לגן עדן. הכנסייה ברומא נדרשה להמציא בדיה נוספת כדי לעשות רווחים מפחדיהם וחטאיהם של חסידיה. ואכן, תורת המחילה והכפרה (שעל פיה יכול המאמין לרכוש כתב או שטר מחילה – עדות על פטירתו מעונש לאחר שהתוודה על חטאו וזכה למחילה), סיפקה את הנדרש. מחילה מלאה על חטאי ההווה, העבר והעתיד, ושחרור מכל הייסורים והעונשים שיבואו בגינם, הובטחו לכל מי שיתגייס ללחום את מלחמותיו של האפיפיור במטרה להרחיב את שליטתו בעולם, להעניש את אויביו ולהשמיד את הכופרים שהעזו להתכחש לעליונותו הרוחנית. הכנסייה אף לימדה את חסידיה כי באמצעות תשלום כספי לכנסייה, הם יוכלו להשתחרר מחטאיהם ואף לשחרר את נשמות חבריהם המתים שיקדו על מוקד הלהבות המייסרות. בעזרת אמצעים אלה מילאה הכנסייה את אוצרותיה, שמרה על הדרה ופארה, ומימנה את מותרותיהם ומידותיהם הרעות של הנציגים שהתיימרו לייצג את המושיע, אשר לא היה “לוֹ מָקוֹם לְהַנִּיחַ אֶת רֹאשׁוֹ.” סעודת האדון, המבוססת על כתבי הקודש, הוחלפה בהעלאת קורבן אלילי בשעת המיסה. במהלך טקס דתי חסר שחר זה התיימרו הכמרים והבישופים להפוך לחם ויין לגופו ולדמו של המשיח. בכפירה בוטה, הם הכריזו קבל עם ועולם על יכולתם “לברוא את אלוהים, בורא הכול.” כל הנוצרים נדרשו, תחת איום מוות, להישבע על אמונתם בכפירה נוראה זו, המהווה עלבון לאלוהי השמיים. המוני המאמינים שסירבו להישבע הועלו על המוקד ונשרפו למוות בלהבות האש. במאה השלישית כוננה הכנסייה את אחד מכלי המשחית המחרידים ביותר ששימש את שלטון הכנסייה – האינקוויזיציה. מוסד אפל זה נוצר בהשראת שר האופל, שעשה יד אחת עם מנהיגי ההירארכיה האפיפיורית. השטן ומלאכיו שהתכנסו במועצותיהם החשאיות, שלטו במוחם של רשעים אלה; בקרבם ניצב מלאך ה’, הנסתר מן העין, אשר תיעד את כל החלטותיהם וצוויהם המרושעים, והעלה על הכתב את תולדות מעשיהם המחרידים מדי לעין אנוש, כנאמר: “בָּבֶל הַגְּדוֹלָה” הייתה “שִׁכּוֹרָה מִדַּם הַקְּדוֹשִׁים.” גופותיהם המושחתים של מיליוני קדושים מעונים שמתו על קידוש אמונתם, זעקו לה’ להמיט נקם ועונש על השלטון הכופר. שלטון האפיפיורות הפך לרודנות העריצה של העולם. מלכים וקיסרים צייתו לצווים שכוננו בידי האפיפיור של רומא. נדמה היה שגורלם של בני האדם, הן בעולם הזה והן בעולם הבא, נתון בלעדית בידיו. במשך מאות בשנים, הדוקטרינות שיצאו מן הכנסייה ברומא התקבלו ברחבי העולם ללא עוררין; פולחניה בוצעו ביראת כבוד וחגיה נחגגו בידי כלל הציבור. כמריה זכו לכבוד ולתמיכה כלכלית נדיבה. מאז ואילך, הכנסייה הקתולית לא זכתה לכבוד רב יותר, ולא השיגה פאר רב יותר או עוצמה רבה יותר. חצות היום של האפיפיורות הייתה חשכת הליל המוסרית של העולם. כתבי הקודש היו כמעט לא מוכרים, לא רק בקרב המאמינים מן השורה, אלא אף בקרב הכמרים וכוהני הדת. בדומה לפרושים בעת העתיקה, מנהיגי האפיפיורות שנאו את האור, שמא יחשוף את עוונותיהם. אחרי שהסירו את תורת ה’, מופת הצדקה, הם שלטו ללא מצרים, ועשו את הרע ללא שום רסן. הונאות, תאוות בצע, הוללות ובזבזנות משלו בכיפה. בני האדם לא בחלו בשום פשע שיקנה להם עושר או מעמד. היכליהם של האפיפיורים והבישופים היו מחזות של פריצות נתעבת ושחיתות חסרת רסן. כמה מן הבישופים היו אשמים בפשעים כה מזעזעים, שמנהיגי המדינה עשו כל מאמץ כדי להדיח את נכבדי הכנסייה הללו ממשרותיהם ולהוקיעם כמפלצות מרושעות שאין להתיר להן להמשיך במעלליהן. במשך מאות בשנים קפאה אירופה על שמריה ולא התקדמה ברכישת ידע באומנויות או בתחומי התרבות. שיתוק מוסרי ואינטלקטואלי אחז בארצות אירופה הנוצריות. המצב ששרר בעולם תחת שלטון הכנסייה ברומא הציג תמונה מחרידה ומזעזעת של התגשמות דברי הנביא הושע: “נִדְמוּ עַמִּי מִבְּלִי הַדָּעַת; כִּי אַתָּה הַדַּעַת מָאַסְתָּ, וְאֶמְאָסְךָ… וַתִּשְׁכַּח תּוֹרַת אֱלֹהֶיךָ, אֶשְׁכַּח בָּנֶיךָ גַּם אָנִי.” “אֵין אֱמֶת וְאֵין חֶסֶד וְאֵין דַּעַת אֱלֹהִים בָּאָרֶץ. אָלֹה וְכַחֵשׁ, וְרָצֹחַ וְגָנֹב וְנָאֹף; פָּרָצוּ, וְדָמִים בְּדָמִים נָגָעוּ” (הושע ד’ 6, 1, 2). אלה היו התוצאות המרות של נטישת דבר ה’.
