פעם נוספת האיצו בו להיכנע לסמכות הקיסר, ואז, לא יאלץ לפחד מאיש. בתגובה, הוא אמר: “אני מסכים בכל ליבי ומאודי שהקיסר, הנסיכים ואפילו המשיחי העניו ביותר, יבחנו וישפטו את כתביי; אך בתנאי אחד, שישתמשו בדבר ה’ כמדריך. בני האדם חייבים לציית לדבר ה’. מצפוני תלוי בדבר ה’ ואני נתון תחת סמכותו.” על פנייה אחרת, הוא השיב: “אני מסכים לוותר על רישיון המעבר שלי ולמסור את גופי ואת חיי לרשות הקיסר; אך באשר לדבר ה’ – לעולם לא אוותר עליו!” הוא הכריז על נכונותו לקבל את החלטת המועצה הכללית, אך רק בתנאי שהיא תחויב לבחון את משנתו ולפסוק את פסיקתה על פי כתבי הקודש. הוא הוסיף: “במה שנוגע לדבר ה’ ולאמונה, כל משיחי הוא שופט טוב בדיוק כמו האפיפיור, על אף שהאפיפיור יכול לקבל תמיכה ואישוש ממיליוני ועידות.” הן חבריו והן אויביו של לותר הבינו לבסוף שכל מאמץ נוסף להשגת פיוס יהיה לשווא. אילו מתקן הדת היה מוותר על עיקרון אחד, השטן וצבאותיו היו נוחלים ניצחון. אולם, נחישותו האיתנה הייתה האמצעי ששחרר את הקהילה המשיחית מכבלי הכנסייה הקתולית, ופתח עידן חדש וטוב יותר. ההשפעה העזה של אדם יחיד זה, שהעז לחשוב ולפעול על פי צו מצפונו בענייני האמונה, תותיר את חותמה על הקהילה המשיחית ועל העולם כולו, לא רק בימיו, אלא גם בכל הדורות הבאים. נחישותו, מסירותו ונאמנותו יחזקו את כל מי שיעבור חוויה דומה, עד קץ הימים. גבורת ה’ ותפארתו גברו על זממם של בני האדם ועל כוחו הכביר של השטן.
בתוך זמן קצר צווה לותר בידי הקיסר לשוב לביתו, אך הוא ידע כי צו זה יחיש את הרשעתו. עננים מאיימים התחשרו מעל דרכו. אך כאשר עזב את וורמס, ליבו היה גדוש שמחה והלל. הוא אמר: “השטן בכבודו ובעצמו שמר על מעוז האפיפיור, אך המשיח עשה בו פרצה רחבה, והשטן נאלץ להודות שהמשיח אדיר ממנו.” לאחר עזיבתו עדיין רצה לותר להוכיח שאין לטעות בנחישותו ולראות בה מרי. לפיכך, הוא כתב לקיסר. הוא אמר: “אלוהים אשר יודע את כל המחשבות הלב, הוא עדי; הוא יודע כי הנני מוכן ומזומן בכל ליבי לציית להוד מלכותך, בעקבות תלונה או דיווח חיובי, בחיים או במוות, ללא יוצא מן הכלל, זולת דבר ה’ שבאמצעותו חי האדם. בכל ענייני חיי, נאמנותי לא תתערער לעולם; שכן בכל ענייני חיי, לאובדן או לרווח אין שום קשר לגאולה. אך שאדם ייכנע לאדם אחר בכל מה שקשור לחיי הנצח – דבר זה מנוגד לרצון האל. כניעה בענייני הרוח היא סגידה אמיתית, ורק הבורא זכאי לה.” בדרכו מוורמס לעירו התקבל לותר בסבר פנים אוהד יותר מאשר במסעו אליה. נכבדי הכנסייה קידמו בברכת שלום את הנזיר המוחרם, ושליטי המחוז כיבדו את האיש שהקיסר הוקיע. תומכיו האיצו בו להטיף, וחרף הצו המלכותי, הוא עלה שוב על בימת הכנסייה. הוא אמר: “מעולם לא התחייבתי לכבול את דבר ה’ בשלשלאות, ולעולם לא אעשה זאת.” בתוך זמן קצר לאחר עזיבתו את וורמס, הקתולים שכנעו את הקיסר להוציא צו נגדו. בצו זה, לותר הוקע כ”שטן בכבודו ובעצמו במסווה של אדם החובש ברדס של נזיר.” על פי הצו, ברגע שתוקף רישיון המעבר של לותר יפוג, יש לנקוט אמצעים כדי לעצור את מלאכתו. כל האזרחים צוו שלא לתת לו מחסה, מזון או משקה, ולא לסייע לו במילים או במעשים, בציבור או באופן פרטי. יש לתפוס אותו היכן שיימצא ולמסרו לידי הרשויות. יש לעצור גם את חסידיו, להשליכם לכלא ולהחרים את רכושם. יש להשמיד את כל כתביו. זאת ועוד, כל מי שיעז לפעול בניגוד להוראות הצו, דינו יהיה כדין חסידיו. האלקטור של סקסוניה והנסיכים שהיו מיודדים עם לותר עזבו את וורמס זמן קצר לאחר נסיעתו, וצו הקיסר קיבל את אישור המועצה. הקתולים צהלו. הם האמינו כי גורלם של הרפורמיסטים נחרץ. אך אלוהים סיפק לעבדו דרך מילוט בשעה הרת סכנות זו. עין דרוכה שעקבה אחרי תנועותיו, ולב נאמן ואצילי, נחלצו לעזרתו. היה ברור שרומא לא תסתפק בדבר זולת מותו של מתקן הדת; רק באמצעות הסתרתו, הוא יוכל להינצל ממלתעות האריה. אלוהים נתן לפרדריק מסקסוניה את החוכמה להגות תוכנית להצלת חייו של מתקן הדת. תוכניתו של האלקטור יצאה אל הפועל בעזרת שיתוף הפעולה של ידידי אמת, ולותר הצליח להסתתר מחברים ואויבים כאחד. במסעו הביתה הוא נתפס, נותק ממלוויו והובהל דרך היער אל טירת וארטבורג שהייתה מעוז הררי מבודד. הן לכידתו והן הסתרתו של לותר היו כה אפופי תעלומה, שאפילו פרדריק בכבודו ובעצמו לא ידע במשך זמן רב להיכן הוא נלקח. הייתה לכך סיבה: כל עוד האלקטור אינו יודע דבר על מקום הימצאו של לותר, הוא לא יוכל לגלות דבר. האלקטור שמח לדעת כי מתקן הדת נמצא במקום בטוח, והסתפק במידע זה. אביב, קיץ וסתיו חלפו עברו; החורף הגיע, אך לותר היה עדיין אסיר. אליאנדר ותומכיו צהלו כשראו כי אור הבשורה עומד לכבות. אך תחת זאת מילא מתקן הדת את נרו באוצרות האמת – אורו יאיר באור בוהק יותר. בווארטבורג חייו היו שלווים ובטוחים יותר, ולזמן מה הוא שמח על שחרורו מלהט המלחמה. אך הוא לא מצא סיפוק בשלווה ובמנוחה לאורך זמן. מאחר שהיה רגיל לחיי פעילות ולמאבק מר, הוא התקשה לשאת את חוסר הפעילות שנכפה עליו. באותם ימי התבודדות, הוא הגה במצבה של קהילת המשיח, וזעק בייאוש: “אבוי! אין איש שיעמוד לפני ה’ ביום חרונו האחרון, ויושיע את ישראל!” שוב נדדו מחשבותיו לעצמו, והוא חשש שמא יואשם בפחדנות בשל נסיגתו מן המלחמה. הוא האשים את עצמו בעצלות ובהתפנקות. ועם זאת, בעת ובעונה אחת, הוא עשה מדי יום הרבה יותר ממה שנראה שאדם אחד יכול לעשות. עטו לא נחה לרגע. בזמן שאויביו השלו את עצמם והאמינו כי עלה בידם להשתיקו, הם הופתעו והתבלבלו מן ההוכחה המוחשית שהעידה על המשך פועלו. רבבות עלונים פרי עטו הופצו ברחבי גרמניה. לותר אף עשה שירות חשוב ביותר לבני ארצו בכך שתירגם את הברית החדשה לגרמנית. מפתמוס ההררית, הוא המשיך להכריז את הבשורה במשך כשנה, ולגנות את החטאים והשקרים שרווחו בימיו. אך ה’ גרם לעבדו לסגת מפעילותו הציבורית, לא רק כדי להגן עליו מזעם אויביו, או אפילו כדי לאפשר לו להקדיש זמן שקט למלאכות חשובות אלה; תוצאות יקרות יותר מאלה הושגו בתקופת התבודדותו. בבדידות ובחסות מפלטו שבהרים, לותר הורחק מחסידיו, מתומכיו ומשבחיהם. כך הוא ניצל מן הגאווה והביטחון העצמי המופרז, הבאים לעיתים קרובות בעקבות הצלחה. הסבל וההשפלה שבאו עליו הכשירוהו לצעוד שוב בצעד בטוח ועניו על הגבהים המסנוורים שאליהם רומם באופן פתאומי. כשבני האדם שמחים בחירות שמעניקה להם האמת, הם נוטים לרומם את אלה שה’ משתמש בהם כדי לשבור את כבלי תורות השקר והאמונות הטפלות. השטן מנסה להסיט את מחשבותיהם ורגשותיהם של בני האדם מאלוהים, ולגרום להם למקדם בבני אנוש; הוא מעורר בליבם כבוד לבשר ודם המשמשים אך ורק כלי שרת, וגורם להם להתעלם מהיד המכוונת של ההשגחה העליונה. לעיתים קרובות מדיי, מנהיגי הדת הזוכים לשבח ולכבוד שוכחים את תלותם באלוהים ובוטחים בעצמם. כתוצאה מכך, הם מנסים לשלוט במוחם ובמצפונם של אנשים המבקשים מהם הדרכה, תחת שיחפשוה בדבר ה’. מלאכת תיקון הדת מתעכבת לעיתים קרובות בשל רוח זו, אך אלוהים ישמור על מטרת הרפורמציה מפני סכנה זו; הוא חפץ שחותמו, לא חותם אנושי, יוטבע על מלאכת תיקון זו. עיניהם של בני האדם נישאו אל לותר בתור מפרשה של האמת, לפיכך, הוא נלקח מקרבם כדי שעיניהם יינשאו אל הוגה האמת הנצחי.
