פארל נכסף מזמן לטעת את דגל הפרוטסטנטיות בג’נבה. אם ג’נבה תקבל את האמונה המתוקנת, היא תהפוך למרכז הרפורמציה בצרפת, בשוויץ ובאיטליה. עם מטרה זו לנגד עיניו הוא המשיך בפועלו, עד שעיירות וכפרים קטנים המקיפים את ג’נבה קיבלו את האמונה המתוקנת. הוא נכנס לג’נבה בחברת חבר אחד. הוא קיבל היתר להטיף שתי דרשות בלבד. הכמרים שהתאמצו לשווא להשיג את הרשעתו בידי הרשויות האזרחיות, זימנו אותו לוועידה כנסייתית. הם הגיעו לוועידה כשהם חמושים בכלי נשק שהוסתרו מתחת לגלימותיהם, נחושים בדעתם ליטול את חייו. מחוץ להיכל נאסף אספסוף זועם שביקש להביא למותו במידה שיצליח להימלט מן הוועידה. אולם, בזכות הכוח המזוין ושופטי השלום שנכחו במקום, ניצלו חייו. למחרת בבוקר, הוא וחברו הועברו למקום מבטחים מעבר לאגם. כך הסתיים ניסיונו הראשון של קלווין לבשר בג’נבה. למבחן הבא נבחר כלי שרת צנוע יותר – איש צעיר בעל חזות כה דלה וצנועה, שזכה ליחס קריר אפילו מצד תומכי הרפורמציה. אך מה יכול אדם כזה לעשות במקום שבו פארל נתקל בדחייה? כיצד יכול אדם עם מעט ניסיון ואומץ קלוש להתנגד לסערה כה עזה, שחזקים ואמיצים ממנו נאלצו להימלט מפניה? “לֹא בְחַיִל וְלֹא בְכֹחַ, כִּי אִם בְּרוּחִי, אָמַר יְהוָה צְבָאוֹת” (זכריה, ד’ 6). “אֱלֹהִים בָּחַר… בַּחַלָּשִׁים אֲשֶׁר בָּעוֹלָם כְּדֵי לְבַיֵּשׁ אֶת הַחֲזָקִים.” “הֵן ‘סִכְלוּת’ אֱלֹהִים חֲכָמָה מִבְּנֵי אָדָם, וְ’חֻלְשַׁת’ אֱלֹהִים חֲזָקָה מִבְּנֵי אָדָם” (קור”א, א’ 27, 25).
פרומנט החל את פועלו כמורה בבית הספר. הילדים חזרו באוזני משפחתם על האמיתות שהוא לימד אותם. במהרה, ההורים באו לשמוע מפיו את פרשנות כתבי הקודש, וכיתת בית הספר נמלאה במאזינים קשובים. עותקים של הברית החדשה ועלונים חולקו חינם, והגיעו לאנשים רבים שלא העזו לבוא ולהקשיב לתורות החדשות קבל עם ועולם. מקץ זמן מה, מבשר זה נאלץ להימלט, אך האמיתות שלימד נחקקו בליבם של בני האדם. הרפורמציה ניטעה והמשיכה להתחזק, לשגשג ולהתרחב. המטיפים שבו לג’נבה, ובאמצעות פועלם כוננה לבסוף עבודת האל הפרוטסטנטית בעיר. העיר כבר הביעה תמיכה ברפורמציה כאשר קלווין נכנס בשעריה מקץ נדודים במקומות שונים ותהפוכות רבות. כששב מביקורו האחרון במקום הולדתו, הוא עשה את דרכו לבאזל. כשגילה כי הדרך הראשית עמוסה בצבאותיו של צ’ארלס החמישי, הוא נאלץ לנסוע בדרך עוקפת שעברה ליד ג’נבה. בביקור זה, פארל זיהה את יד ה’. על אף שג’נבה קיבלה את האמונה המתוקנת, עדיין נותרה מלאכה כבירה שהיה צריך לעשות בה. אנשים אינם חוזרים בתשובה בקבוצות, אלא באופן אישי. מלאכת תיקון הדת חייבת להתחולל בלב ובמצפון באמצעות גבורת רוח הקודש, לא באמצעות צווים שנקבעו במועצות דתיות. כשבני ג’נבה פנו עורף לסמכות הכנסייה הקתולית, הם לא ששו לוותר על המידות המגונות, השחיתות והפשיעה ששגשגו תחת שלטונה. המשימה לכונן בעיר את העקרונות הטהורים של הבשורה, ולהכשיר את תושביה למלא בנאמנות את התפקידים שיד ההשגחה ייעדה להם, לא הייתה קלה. פארל היה סמוך ובטוח שהוא מצא בקלווין עמית למלאכה זו. בשם ה’, הוא הפציר במבשר הצעיר להישאר בעיר ולבשר בה. קלווין נרתע בבהלה. כאדם ביישן ושוחר שלום, הוא נרתע ממגע עם הרוח הנועזת, העצמאית ואפילו הפראית של בני ג’נבה. בשל בריאותו הירודה והרגלי הלימוד הקפדניים שלו, הוא חפץ לפרוש ולהתבודד. הוא האמין כי יעלה בידו לשרת את הרפורמציה כמיטב יכולתו באמצעות עטו, והשתוקק למצוא מקום התבודדות שקט שבו יוכל ללמוד, ומשם, ללמד, להדריך ולבנות את הקהילות המשיחיות באמצעות ספרים. אך הפצרתו הרצינית של פארל נראתה לו כקריאה מן השמיים, ולכן לא העז לסרב לה. הוא אמר שהוא חש “כאילו יד ה’ הושטה לעברו מן השמיים, אחזה בו, ריתקה אותו למקום שהוא השתוקק בקוצר רוח לעזוב, ולא הניחה לו להשתחרר מאחיזתה.”
בימים האלה, סכנות גדולות ארבו למטרת האמונה הפרוטסטנטית. האפיפיור הטיל על ג’נבה חרמות, וארצות חזקות איימו להשמידה. כיצד תתנגד העיר הקטנה הזו להיררכיה העוצמתית שהטילה את מרותה בכוח הזרוע על מלכים וקיסרים? כיצד תוכל לעמוד נגד צבאותיהם של כובשי העולם האדירים? האמונה הפרוטסטנטית אוימה בידי אויבים מפחידים ברחבי הארצות הנוצריות. הניצחונות הראשונים שנחלה הרפורמציה חלפו, ורומא נערכה בכוחות מחודשים במטרה להביא לחיסולה. הפעם כונן מסדר הישועים, שהפך ללוחם הכי חסר מצפון, הכי אכזרי והכי עוצמתי מבין כל לוחמי שלטון האפיפיורות. הנזירים שנותקו מכל קשריהם וענייניהם בעולם הזה, שהתכחשו לצרכים הטבעיים של האהבה והשכל והשתיקו את נקיפות המצפון שלהם, לא הכירו בשום חוק ובשום קשר מחייב זולת אלה של מסדרם, ולא ראו לעצמם שום חובה זולת החובה להעצים את כוחו של המסדר. בשורת המשיח סייעה לחסידיה להתמודד ללא חת עם סכנות, סבל, קור, רעב, עמל מפרך ועוני, ולהרים על נס את דגל האמת במתקן העינויים, בצינוק ובגרדום. כדי להילחם בכוחות אלה הפיח המסדר הישועי בנזיריו קנאות עיוורת שאפשרה להם לשאת סכנות דומות ולהתנגד לכוחה של האמת בעזרת כל כלי המשחית של השקר והרמייה. לדידם, לא היה פשע חמור מדיי והונאה שפלה מדיי מכפי שיכלו לבצע, או תחפושת קשה מדיי מכפי שיכלו לעטות. כמי שנשבעו לעוני ולצניעות, מטרתם הייתה להשיג עושר ועוצמה שיוקדשו להדחת הדת הפרוטסטנטית ולכינון מחדש של העליונות האפיפיורית. כשהופיעו בציבור כחברי המסדר, הם לבשו גלימות צנועות, ביקרו בבתי כלא ובתי חולים, טיפלו בחולים ובעניים, טענו שהם ויתרו על הבלי העולם הזה, נשאו את שמו הקדוש של ישוע, ועשו מעשי חסד בכל מקום. אולם, תחת חזות חסודה וטהורה זו הסתתרו התוכניות הפושעות והקטלניות ביותר. אחד מעיקרי היסוד של המסדר היה שהמטרה מקדשת את האמצעים. בהתאם לעיקרון זה, נחשבו שקר, גניבה, עדות שקר ורצח, לא רק ברי מחילה, אלא אף טובים ורצויים כאשר שירתו את מטרות הכנסייה. בעודם עטויים בתחפושות שונות הצליחו הישועים לאייש משרות רמות בלשכות המדיניות, לשמש כיועצי מלכים ולעצב את מדיניות העמים השונים. הם הפכו למשרתים כדי לפעול כמרגלים בשירות אדוניהם. הם יסדו מכללות למען בניהם של שרים, נסיכים ואצילים, ובתי ספר לבניהם של פשוטי העם; לפיכך, ילדיהם של הורים פרוטסטנטים נאלצו להשתתף בטקסים קתוליים. ההדר והפאר של הפולחנים הקתוליים נועדו לבלבל את הנפש ולסנוור ולשבות את הדמיון. וכך, החירות שבעבורה עמלו האבות ושפכו את דמם, נבגדה בידי הבנים.
הישועים התפשטו במהירות בכל רחבי אירופה, ובכל מקום שאליו הגיעו הייתה תחייה לדת הקתולית. כדי להעצים את כוחם יצא צו שהורה על הקמתה מחדש של האינקוויזיציה. חרף התיעוב הכללי שעוררה האינקוויזיציה, גם בארצות הנוצריות, הוקם בית דין נורא זה בידי המושלים הקתולים, ומעשי הזוועה והאכזריות שבוצעו בצינוק הסודי שלו היו מזוויעים מכדי להעלותם על הכתב. בארצות רבות נטבחו או נאלצו לעזוב את מולדתם רבבות בני אדם שהיו מלח הארץ, האנשים הטהורים והאציליים ביותר, האנשים המזהירים והמשכילים ביותר, כמרים אדוקים ומסורים, אזרחים יצרניים ופטריוטים, למדנים מבריקים, אמנים מוכשרים ואומנים מיומנים.
כאלה היו האמצעים שהכנסייה ברומא השתמשה בהם כדי לכבות את רוח הרפורמציה, להרחיק את בני האדם מכתבי הקודש ולהשיב על כנן את הבורות והאמונות הטפלות שרווחו בימי הביניים. ואולם, תחת ברכת ה’ ועמלם של אותם אנשים אציליים שה’ הקים כדי להמשיך את דרכו של לותר, לא הודחה הדת הפרוטסטנטית. היא לא השיגה את עוצמתה בזכות כוחם או אהדתם של שרים ונסיכים. הארצות הקטנות ביותר, האומות הצנועות והנחותות ביותר הפכו למעוזיה. לדוגמה, ג’נבה הקטנה שישבה בקרב אויבים אדירים שזממו להשמידה; הולנד שישבה על גדות הים הצפוני ונאבקה בשלטון הרודני של ספרד, שהייתה אז הגדולה והעשירה שבמעצמות; או שוודיה העגומה, הקרה והלא-פורייה, שנחלה ניצחונות למען הרפורמציה.
במשך כשלושים שנה פעל קלווין למען ג’נבה; תחילה כדי לכונן בה קהילה שתדבק באמות המוסר של כתבי הקודש, ואחר כך כדי לקדם את הרפורמציה ברחבי אירופה. דרכו כמנהיג ציבורי לא הייתה חפה מטעויות; גם משנתו לא הייתה חפה מטעויות. אך הוא שימש כלי שרת להפצת האמיתות שהיו חשובות במיוחד לזמנו, ולקיום עקרונות הפרוטסטנטיות כנגד הגל הגואה של הקתוליות, ששב ועלה במהירות על הארץ. הוא אף פעל לקידום הפשטות והטהרה בכנסיות שקיבלו את האמונה המתוקנת, במקום הגאווה והשחיתות ששגשגו תחת הדוקטרינות הקתוליות. מג’נבה יצאו מורים ונשלחו ספרים כדי להפיץ את הדוקטרינות של הרפורמציה. במקום זה חיפשו הנרדפים מכל הארצות הדרכה, עצה ועידוד. עירו של קלווין הפכה למקום מקלט בעבור מתקני הדת הנרדפים של מערב אירופה. הפליטים שנמלטו מן הסערות הקשות שנמשכו מאות בשנים, הגיעו לשערי ג’נבה. רעבים, פצועים, חסרי בית וללא קרובי משפחה, הם התקבלו בברכה וזכו לטיפול מסור. כשמצאו בה בית, הם בירכו את העיר על שאימצה אותם אל חיקה, ותרמו לה בעזרת המיומנות, הידע והחסידות שניחנו בהם. רבים מאלה שמצאו בה מקלט שבו לארצותיהם כדי להתנגד לרודנותה של הכנסייה הקתולית. ג’ון נוקס, מתקן הדת הסקוטי האמיץ, לא מעט מן הפוריטנים אנגלים, הפרוטסטנטים של הולנד וההוגנוטים של צרפת, לקחו מג’נבה את לפיד האמת כדי להאיר את אפלת מולדתם.
